(1) Phylogenetic Tree Reconstruction(PTR, 계통수 재건)
PTR 분야는 원소의 수가 많게 되면 경우의 수가 기하급수적으로 늘어나 모의 실험이 무한히 증가하는 고차원의 문제점과 국소 트랩의 문제점을 가지고 있다. 또한 기존 연구 결과들은 주로 MCMC 알고리즘을 이용하여 Consensus Tree를 찾는 베이지안 추정을 다루고 있지만 각 모수와 가지 길이(Branch Length) 추정치의 불확실성에 대해서는 관심을 두지 않고 있어 각 추정치의 신뢰성이 떨어지는 단점이 있다.
이러한 고차원의 문제점을 극복하기 위해서 Tree의 순차 구조를 이용한 Sequential SAMC 방법을 통한 베이지안 추론과 Consensus Tree를 찾는 베이지안 모형 추론의 연구가 목표이다.
(2) Protein Folding Prediction(PFP, 단백질 접힘 추정)
단백질은 접힘상태가 최저 에너지 값을 가질 때 가장 안정적인 상태에 있으나 대부분의 단백질의 접힘상태는 알려져 있지 않다.
본 연구는 단백질의 접힘상태를 알고리즘을 통해 보다 정확하게 추정하기 위해서, 알고리즘의 효율성을 위해 주로 에너지 값이 작은 부분 영역을 주로 탐색하는 Annealing CMC(Contour MC or GWL) 알고리즘과 Annealing SAMC 알고리즘을 개발하는 것을 목표로 한다.
▣ 국제 논문
Cheon, S. and Liang, F. (2008.01), Phylogenetic Tree Construction Using Sequential Stochastic Approximation Monte Carlo. BioSystems(1.784), 91, 1, 94-107.
Lee, J.K., Williams, P.D. and Cheon, S. (2008.03). Data Mining in Genomics, Clinics in Laboratory Medicine(1.971), 28, 1, 145-166.
Chung, H.K., Pise-Masison, C.A., Radonovich, M.F., Brady, J., Lee, J.K., Cheon, S., Markham, P., Cristillo, A. and Pal, R. (2008.12). Cellular Gene Expression Profiles in Rhesus Macaques Challenged Mucosally with a Pathogenic R5 Tropic Simian Human Immunodeficiency Virus Isolate, Viral Immunology(1.966), 21, 4, 411-423.
Cheon, S. and Liang, F. (2009.11). Bayesian Phylogeny Analysis via Stochastic Approximation Monte Carlo, Molecular Phylogenetics and Evolution(3.609), 53, 2, 394-403.
Cheon, S., Williams, P.D., Havaleshko, D.M., Jeong, H., Cheng, F. Theodorescu, D. and Lee, J.K. (2009.11). Concordant gene expression signatures predict clinical outcomes of cancer patients undergoing systematic therapy, Cancer Research(7.856), 69, 21, 8302-8309.
Havaleshko, D.M., Smith, S.C., Cho, H., Cheon, S., Owens, C.R., Lee, J.K., Petricoin, E.F. and Theodorescu, D. (2009.11). Comparison of Global versus EGFR pathway profiling for prediction of Lapatinib sensitivity in bladder cancer, Neoplasia(5.946), 11, 11, 1185-1193.
Cheon, S. and Liang, F. (2011.09). Folding small proteins via Annealing Stochastic Approximation Monte Carlo, BioSystems(1.784), 105, 3, 243-249.
▣ 국내 논문
Cheon, S. (2009.06). Real protein prediction in an off-lattice BLN model via Annealing Contour Monte Carlo. 응용통계연구, 22, 3, 627-634.
Cheon, S. and Kim, H.S. (2009.06). Bayesian Inference in Phylogeny via Sequential Stochastic Approximation Monte Carlo, Journal of the Korean Data Analysis Society, 11, 3, 1221-1231.
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